Als Nahrungsmittelallergie im eigentlichen Sinne wird jede das Immunsystem einbeziehende Unverträglichkeit gegenüber einem ansonsten unschädlichen Nahrungsmittel (Nahrungsbestandteil) bezeichnet, die deshalb auch als immunologisch vermittelte Nahrungsmittelunverträglichkeit beschrieben wird. Molekulare Stoffe, die zu einer abnormen Reaktion des Immunsystems führen, werden mit dem Begriff Allergen belegt. Als alternative Bezeichnung zur Nahrungsmittelallergie kann man auch wegen der oralen Aufnahme der Allergene den Begriff „gastrointestinal vermittelte Allergie“ wählen. Nahrungsmittelunverträglichkeiten, für die kein Hinweis auf eine Beteiligung des Immunsystems besteht, werden neutral als Nahrungsmittelintoleranz bezeichnet. Hierzu zählt auch die psychosomatische Nahrungsmittelunverträglichkeit, die mit einer mentalen Störung (emotionale Faktoren) zusammenhängt.